嘉義市區鐵路高架化計畫範圍為北起牛稠溪北側，向南經嘉北站、嘉義站及新增設之北回歸線站後，銜接至水上車輛基地，全長約10.9公里。本計畫永久軌部分共計3個土建工程標，分別為高架橋工程、車站工程及水上車輛基地工程。其中基地工程因用地取得困難及營建物價上漲等因素，俟112年3月取得全部施工用地，並於113年4月3日獲行政院核定修正計畫後，旋即於4月10日公告招標，發包經費約70億元。該工程已於6月7日決標，6月30日開工，工期為1400天，嘉義市區鐵路高架化計畫的最後一塊拼圖終於入手。
水上車輛基地座落於嘉義縣水上鄉，面積約 22.25 公頃，相當於37座足球場。基地內共有40股道，主要包含到開線、留置線、檢修線及洗車線等，其中11股道位於檢修庫內。基地內建築共20棟，含括辦公大樓、檢修庫、工場及材料倉庫、地下車輪車床檢修庫、倉儲區及變電站等多項設施，其中部分主要建築物為智慧型建築及綠建築之設計。為強化基地周遭之交通聯繫，基地周遭新闢聯外道路，進一步提升當地交通便利性。
基地依據「公共藝術設置辦法」編列經費於主要出入口、人行道、保育區、廣場及綠帶等區域設置公共藝術，並建造花園漫步道、森林停車場、活動綠帶和生態綠地。基地內規劃為國土保育區域之面積約達6.8公頃，以生態工程方式設置4處滯洪池，種植水生植物、濱水植物及耐溼性常綠灌木，周邊則種植具誘鳥誘蝶之台灣原生種喬木、灌木、草花，營造適合生物棲息的環境。基地全區種植約800~1,200棵喬木，未來將成為植被茂密可供動物們繁衍嬉遊的秘密花園，並於豪雨期間提供滯洪功能，可達強化減災之效用。
水上車輛基地工程完工後將辦理使用執照取得並依「鐵路運輸系統履勘作業要點」進行相關檢查，檢查完成後續交由臺鐵公司相關單位進駐啟用，臺鐵公司於嘉義地區之夜間列車停留股道數將由原嘉義站區的14股道，提高為21股道，包含水上車輛基地的16股道及嘉義高架車站的5股道，嘉義機務段維修列車之股道則由8股道增加為11股道，大幅提升臺鐵公司列車調度運轉能量。屆時，水上車輛基地不僅是一個兼顧交通運輸、環境保護和地方發展的指標性工程，更可對政府發展軌道運輸以達到2050淨零排放的目標做出實質的貢獻。
