經濟部認為淨零是世界趨勢，但政府政策訂定應考量各方權益，部分產業如石化、鋼鐵、面板及紡織等目前面臨經營困境，為了減少碳費對這些產業的衝擊，初期的費率應設定較低，並有適當調適期，否則政策一上路，造成傷害就來不及，企業可能關廠、勞工可能失業、制度也會被批評。此外，產業推動減碳需要大量資金，政府近期鼓勵企業加薪也增加了支出，因此初期的碳費費率應較低，以便企業能有更多資金投入減碳措施。
經濟部主張收取碳費目的是為了減碳，提升台灣產業競爭力，不是為了收錢。企業做生意要出口，要和國外競爭，制度要接軌國際，故收費應參考日本、韓國等亞洲鄰近競爭國家的實質費率水準，不要因為過高費率影響業者出口，打擊自己的企業。建議將費率設定於產業可負擔範圍，較能提升整體目標達成性並兼顧公正轉型。
經濟部為擴大減碳成效，除過去推動的產業自願減量、協助產業導入能源管理系統及提供產業低碳化輔導外，近年為加速產業減碳，已採取以下措施：
一、運用特別預算，透過人才培訓（3.1萬人次）、輔導（4,791案）及補助（2,400家廠商）等措施，協助製造業朝低碳化升級轉型。
二、刻正修訂產業創新條例第10之1條，將節能減碳納入新增投資抵減項目，以鼓勵業者投資節能減碳設備，加速減碳。
三、未來將結合碳費制度上路，輔導產業提出自主減量計畫，落實減量措施，達成減量目標。
經濟部建議合理的碳費政策應以減碳為主要目標，同時兼顧產業發展，避免因費率過高而打擊企業競爭力。經濟部期望環境部及碳費費率審議會能綜合考量各方意見，制定出兼顧環保與經濟發展的碳費政策，促進台灣經濟的可持續發展。
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