有關流感疫苗對於新變異K分支病毒株感染的保護力有多少，一直是世界各國關注的焦點。不同的研究因為觀察的地區、對象及樣本數的多寡，呈現不同的結果。根據疾病管制署(下稱疾管署)綜合歐盟、法國、英國及中國本季疫苗對流感病毒A型H3N2 K分支研究，疫苗預防感染後輕重症均具保護力，整體而言保護力約為3-5成，其中對於5歲以下幼童的保護效力達7成，6~17歲保護力為3-5成，18~64歲為3-6成，65歲以上長者部分至少也有2成5以上，可見本季疫苗對K分支仍有中高程度之保護力。
疾管署指出，為避免民眾因少部分研究而誤解「流感疫苗沒效」，特綜合各國研究觀察，提供「本季流感疫苗保護力受流感病毒K分支影響」相關真實世界的數據，澄清說明如下：
一、K分支的出現為去(2025)年夏季自澳洲等南半球國家發現後，逐漸向北半球擴散，並於秋季開始成為臺灣、日本、韓國及歐美主流病毒。
二、K分支屬於A型H3N2的變異株，但與先前流行的H3N2病毒和本季疫苗株都有明顯的抗原偏移，因此原先醫學界都預期可能導致疫苗保護力大幅下降，真實世界的觀察，疫苗保護力仍有36.4%~52%。
三、去年11月中以來，已有歐盟、英國、法國和中國的真實世界疫苗保護力研究發表，皆證實本季流感疫苗對不同年齡層在輕重症感染均具保護力：
(一) 歐盟、法國和中國對確診流感就醫(輕症)保護力之研究：於5歲以下幼童的保護效力達70.9%，6~17歲兒童與青少年族群保護力為37.4%~52%， 18~64歲成人為45.1%~57%，65歲以上長者部分至少也有25.3%。
(二) 英國針對重症住院保護力之研究：在兒童與青少年(<18歲)疫苗保護效果為72%–75%，在成人(>18歲)疫苗保護效果為32%–39%。
因此，在各年齡層及輕重症感染的數據皆顯示接種疫苗能降低流感輕症、重症(住院)發生率。
四、此外，依據疫情監測資料結果，我國於去年10月流感疫苗開打後，以K分支為主要流行株的秋季流感疫情迅速下降，甚至冬季疫情也因此延後到本週才可能進入流行期，較過去一般晚了一個月。由疫情變化亦顯示本季流感疫苗提供好的免疫保護，幫助流感疫情的控制與延緩。
疾管署強調，接種疫苗是預防流感最好的方法，多數真實世界的數據與國內實際疫情狀況均顯示本季流感疫苗仍具保護力，提醒民眾勿過度恐慌。目前流感疫苗剩餘約15萬劑，請符合接種資格，特別是幼童、長者及有高風險慢性病者，在春節連假來臨2週前，儘速完成接種，以提升自身對流感的保護力，降低感染、減少重症、住院甚至死亡的風險，並與家人一起健康迎新年。
