農業部今（29）日下午召開「萬里溪堰塞湖災害緊急應變小組工作會議」，由部長陳駿季主持。會中綜合中央氣象署最新降雨預報、現地監測資料及專家研判，考量未來花蓮山區近期無明顯降雨，加上林業保育署於昨日完成裝設堰塞湖水位計，可持續監測湖水位變化；另依今日空拍監測結果，壩體滲流未發現有明顯異常現象，經與會專家及地方政府共同研商後，決議自今（29）日解除萬里溪堰塞湖黃色警戒。
林業保育署花蓮分署於會中說明，這次米克拉颱風外圍環流降雨期間，堰塞湖蓄水量並未大幅增加。目前堰塞湖最大蓄水量約420萬立方公尺，今日下午2時蓄水量約259萬立方公尺。依目前監測資料，平均每日蓄水量約20到30萬立方公尺，以目前氣象預報集水區的降雨情況，推估未來一週左右還不會溢流；但若期間發生較大降雨，溢流時間仍可能提前。
農業部強調，解除黃色警戒並不代表堰塞湖風險已消除，堰塞湖仍存在溢流風險，各防災單位仍須持續監測水位及降雨情形，一旦情勢變化，將立即重新發布警戒並啟動各項應變措施。地方政府也應持續與保全對象保持聯繫，確保未來如需再次疏散撤離時，能迅速完成相關作業。
農業部並要求各防災單位持續盤點各項應變整備工作，包括檢視萬里溪沿線堤防、橋梁、道路、防護設施、收容安置場所、防汛物資及疏散撤離機制等，確保各項防救災措施均維持最佳整備狀態。
陳駿季部長於會中也特別請地方政府持續加強萬里溪河道及周邊巡查與管制，並於明顯處設立警示牌，嚴禁民眾及遊客進入河道及河床活動，以避免突發溢流造成危險。同時提醒民眾隨時留意政府發布的防災資訊，如再次發布警戒，務必配合地方政府指示辦理疏散避難，以維護自身安全。
農業部表示，雖然目前已解除黃色警戒，但仍將持續密切監測堰塞湖變化，林保署航遙測分署預計明天進行堰塞湖航攝，屆時林保署花蓮分署及陽明交大團隊將依據最新航攝光達資料，綜合無人機影像及現地監測成果，滾動校正堰塞湖壩體及蓄水量變化等資訊，檢討警戒機制，並持續召開跨機關應變會議。
本次會議除農業部及所屬機關外，行政院災害防救辦公室、經濟部水利署、內政部民政司、內政部消防署、內政部國土測繪中心、內政部空中勤務總隊、國家災害防救科技中心、衛生福利部社會救助及社工司、交通部公路局、交通部中央氣象署、國防部、花蓮縣後備指揮部、原住民委員會、臺灣鐵路股份有限公司、中華電信、台灣電力公司、花蓮縣政府、萬榮鄉公所及鳳林鎮公所，以及土木、水利及坡地防災等領域專家學者均派員出席。
