經濟部指出，立法院通過版本要求行政院設置「國家無人載具產業發展戰略特別委員會」，負責統籌產業政策及審議產業發展綱領（含經費需求與財源規劃），且規定委員會成員有超過半數須由立法院各黨團推派專家學者。此一制度設計涉及「政治卡關」風險，日後若遇立法院黨團遲不推派委員，或所推派的委員刻意阻撓會議進行，將導致委員會無法召開或無法審定產業發展綱領，行政機關則可能面臨無法據以編列預算的困境，而影響國防採購及產業發展的推動。
經濟部表示，立法院通過版本忽視現行流暢的運作機制，徒增行政程序之繁瑣。目前行政院副院長每季召開跨部會專案會議，並邀集專家學者討論，負責統籌、協調、推動及督導無人載具國防自主、產業發展及民主供應鏈等事項，並已綜整提出「無人載具產業發展統籌型計畫」，故現有機制早已具備委員會之功能。
經濟部說明，立法院通過版本規範軍用無人載具的採購須以年度公務預算編列，此舉將導致預算排擠、延遲審查及審查刪減的風險，無法符合產業界訴求「採購訂單應穩定且可預期」的期待。無人載具產業具有研發成本高、技術門檻高的特質，政府採購訂單如無法穩定可期，將會大幅降低業者投入研發或擴大產能的投資意願。
目前國內無人載具供應鏈已串聯超過274家以上業者，涵蓋晶片、通訊、飛控、導航、光電、電池、馬達、材料、系統整合及應用服務等領域，已逐步形成完整的生態系。許多企業早已配合政策投入大量資金、人力與設備進行開發，政府編列採購預算的原意在於公私協力、分攤研發風險，藉此帶動投資。若因預算限制導致訂單不穩，不僅增加企業營運成本與資金壓力，更將打擊業者信心。
立法院通過版本中，有關產業發展的相關條文，本部與相關部會早已依循上述統籌性計畫的上位指導原則，進行合作並持續辦理中；另有關軍用無人載具的採購事項，國防部原本即可依國防需求編列公務預算辦理採購。因此，不論是產業發展或國防採購，本即不需要本條例作為編列預算或推動相關工作的法源依據，故其宣示意義大於實質意義。
未來經濟部將持續與產業站在一起，透過無人載具產業發展統籌型計畫協助國內業者深化核心自主技術，完善產業環境並拓展國際市場，建立可信賴之非紅供應鏈體系，藉以打造臺灣國防安全。
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