智慧局為了協助企業建構營業秘密保護機制，歷年來已編製教戰手冊，目前更新到3.0版，並編製「中小企業營業秘密保護機制檢核表」、實務案例集，獲得企業好評，讓硬梆梆的文字化為具體作法，有效協助企業保護營業秘密。
智慧局與產業互動多年的心得，產業創新需要研發作為後盾；產學合作時，企業將營業秘密提供給學研機構，學研機構產出的研發成果也可能是營業秘密。因此，學研機構亦須重視營業秘密管理，特別是在研發過程中或研發成果尚未技術移轉、授權之前，如果不小心外洩營業秘密，不但會影響產學合作成果的商品化進程，更影響企業轉型、競爭優勢與獲利營收。
智慧局考量現有的教戰手冊、檢核表是針對企業而設計，而學研機構有其學術開放共享文化及規模大小，因此特別針對學研機構量身設計13招實作要領，由「資料管理」及「人員管理」2面向分成3個階段逐步落實：「入門階段」須事先區別哪些文件是營業秘密、設定哪些人有權限接觸營業秘密，做好基本保護；「基本階段」更進一步定義營業秘密的範圍，包含實驗研究取得的數據或參數、有權限接觸營業秘密者有何種重製、流通或使用的權限範圍；於「強化階段」時，學研機構就職務異動、人員流動、文件之取用、重製、銷燬等，建立專責人員審核機制，並加強教育宣導，深化管理制度。
智慧局強調，「學研機構營業秘密管理實作要領」是希望學研機構透過認識自身內部管理制度、人員、資源及研究領域等，逐步建立適合內部文化的管理作法，只有學研機構建立更強韌的營業秘密保護網，保護產學研之研發量能及成果，才能讓遍及全國各地之學研機構成為護國群山企業發展的後盾。
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