有關12日媒體報導，國土計畫將會嚴重限制雲林縣的發展，影響農民權益部分，農業部澄清，劃設為農業發展地區，農民既有權益不會受到影響，既有農地一樣可以從事農業相關使用，不會增加管制，未來仍可由縣府依據地方發展需要，主動檢討及調整國土功能分區。
國土計畫不會增加農地管制，縣市政府仍可調整適當功能分區
農業發展地區是由縣市政府依照農地條件及各級國土計畫的指導進行劃設，目前農地可以做農作、農業產銷設施相關使用，未來仍可依照國土計畫土地使用管制規則規定使用，不會增加管制及犧牲農民權益，而且縣市政府可以配合每5年的國土計畫通盤檢討，或是透過鄉村地區整體規劃調整為適當功能分區，以符合地方實際發展需要。
國土計畫法是依據農地違規情形，進行分類分級裁罰
國土計畫法針對大規模使用，例如2公頃以上之大型開發案，才視違規情節適用30萬以上之罰則，一般小面積之土地使用違規與現行區域計畫法規定相同，罰款為6萬到30萬，並非所有農地違規均應裁罰高額罰金。
農業部已逐步建立堆疊式給付機制，並將資源投入農業發展地區
我國是世界貿易組織（WTO)會員國，農業補貼有限額規範。農業部已規劃在WTO規範下，國土計畫實施後，農業施政資源投入將集中在農業發展區，逐步建構堆疊式生態系服務給付制度，確保農業發展區實際從農之農民權益。
