有關台電公司因協和電廠改建計畫涉及基隆市水產動植物保育區內之開發，不服基隆市政府112年5月31日廢止處分，提起訴願一案，農業部113年1月19日訴願會進行審議，惟台電公司提出言詞辨論之申請，爰同年2月2日訴願會再次進行審議，並作成原處分撤銷之決定，決定要旨如下：
1、基隆市政府109年9月24日函並無載明同意開發事項之範圍，且基隆市政府及台電公司就該函原則同意開發事項範圍之認定亦不一致，則3.0版(東移)方案之於2.0版方案而言，是否仍於該函所原則同意開發之標的範圍內，既為該函之原規制效力所涵蓋，且無「事實事後發生變更」之情事?抑或已造成「事實事後發生變更」，而致基隆市政府有依法廢止該函之可能?又或實屬處分規制標的滅失，該109年9月24日函業已解消之情形?基隆市政府未能充分釐清，而仍存有疑義。
2、又行政程序法第123條第4款規定之公益危害要件，該公益危害之範圍不應無遠弗屆，基隆市政府逕將漁業法保護法益擴及市民安全、港務營運等公益，其認事用法亦有未妥。
農業部表示，本部訴願會係依《行政院及各級行政機關訴願審議委員會組織規程》第4條規定組成，其中法律專家、學者超過二分之一，當日並依《訴願法》第53條規定作成決議，農業部絕對不會、也絕無可能干涉訴願會之決定。
