因應端午節連續假期，航港局啟動海運疏運，臺灣本島與離島間海運客運預計開航11條航線，共845航次，提供近22萬人次運能；小三通部分因應政策規劃開航4條航線、共100航次，提供2萬6千餘人次運能，將視現場旅客人數協調航商因應增班，並已完成客輪安全全面檢查。
航港局表示，依目前掌握的天候狀況，6月21、22日恐影響馬祖班機起降，提醒旅客持續留意天氣狀況，如有需要，建議可搭乘6月22日上午10時自臺北港出發之「南北之星2號」，或6月22日晚上22時30分自基隆出發之「新臺馬輪」。另6月22日馬祖南竿往臺北港航線訂位率已達98.3%，航港局呼籲有自馬祖前往臺灣旅客，可搭乘當日中午由馬祖前往基隆的「新臺馬輪」航班，尚有空位，可多加利用。
航港局進一步指出，原排定「南北之星2號」6月21日馬祖(11:30)往臺北航班，因海象不佳業者已宣布停航；另「新臺馬輪」6月21日晚上從基隆出發至馬祖航班訂位率已超過95%，提醒前往馬祖旅客務必預先訂位，避免座位售罄無法順利搭乘。
另外，航港局為保障乘船旅客權益，已於112年6月7日至6月9日啟動「112年端午節連續假期前載客船舶及海運客運場站公共安全與營運聯合督檢」作業，針對船舶及場站設施進行查察，完成 60艘客船 及 5處海運客運場站查察，並持續督導業者做好安全管理，務必提供民眾優質海運服務。各航線航班資訊已於「航港局官網/為民服務/航班表/端午節連假海運疏運資訊公告」(https://www.motcmpb.gov.tw/Information?SiteId=1&NodeId=614)
