臺鐵公司於4月4日清晨恢復開行往花、東列車,4月4日及4月5日二天東部幹線計開行470列次及51列次加班車,疏運12.2萬名旅客進出花東地區。雖然二天來餘震不斷,為確保安全臺鐵均依照規定將列車降速,或小區段停等待路線檢查完畢再行駛,但基本上均可維持路線暢通,部分列車晚分的幅度大約在20分鐘左右,整體列車準點率仍維持8成3以上。另因應台九線暫時中斷,臺鐵每日加開10列宜蘭-花蓮區間快車,兩天共疏運超過3200人次;建議北花旅客可以利用區間快車至宜蘭轉乘國道5客運,使行程更便捷。
配合蘇花海運車輛的車主及隨乘人員乘車需要,臺鐵協助蘇澳港至蘇澳新站以及花蓮港至花蓮站的轉乘旅客共疏運647人,轉乘過程均十分順利。
由於和平崇德災區亟需要救援人力及物資,臺鐵公司遂利用區間車運送救災人員到達和平及崇德災區,另將各界捐贈之大批救援物資運至和平站,由和平村董蓮怡村長及和平站人員將物資送往和平部落及和中部落。此外臺鐵公司另特開7403次及7557次二班貨列,以平車馱運中華電信維修工程車,及台水公司搶修工程車,由花蓮運抵和平。臺鐵公司感謝國軍出動協助車輛裝載捆綁作業,使鐵運車輛能迅速完成。