有關報載交通部對於斗六鐵路高架化可行性研究案始終持反對意見、經歷10幾次重新送審及解決70幾項問題一節，鐵道局表示恐有誤解。本計畫前於106年間經劉建國委員爭取交通部預算補助雲林縣政府辦理可行性研究，歷經李進勇縣長、張麗善縣長規劃後，於108年首次提報交通部審查。審查過程鐵道局積極協助雲林縣政府，計召開2次初審會議、交通部召開3次審查委員會議，相關審議機關包含國發會、工程會、財政部、內政部國土管理署、臺鐵公司及外部專家學者，對於雲林縣政府所提報告內工程經費估算偏低及經濟效益不足存有疑慮，因此本於專業提出審查意見要求補充或修正，以確認計畫之可行性，另為減少公文往返，解決曲線半徑及工程經費估算等專業問題，鐵道局亦協助召開協調會議以加速計畫推動，並非退回重新送審。因此，鐵路立體化計畫審查過程中解決工程界面、經費及經濟效益估算等問題，乃各地計畫均存在之普遍情形，交通部及鐵道局均積極協助推動地方建設，並無就本案特別刁難情事。
交通部就各地方政府所提報鐵路立體化可行性研究，均依「鐵路平交道與環境改善建設及周邊土地開發計畫審查作業要點」規定辦理審查，全國皆採一致性標準。斗六鐵路高架化可行性研究亦循同樣模式辦理，並無任何不同。依審查作業要點規定，報告書內容需至少包含工程建造費；對鐵路營運之衝擊分析與解決配套措施，取得鐵路營運機構確認函；出具地方議會同意函，包含地方政府負擔經費額度；經濟效益及財務評估等內容。
交通部112年9月召開審查委員會議迄今，雲林縣各級民意代表均極力爭取本計畫順利推動，雲林縣政府尚未提送修正後之正式報告，後續俟縣府完成修正報告後，鐵道局將協助辦理後續審查。
