有關報導監察委員將調查內政部97年11月3日令要求性別變更者須手術1案，內政部表示，性別變更議題涉及醫療專業與衛福部等多個部會權責，性別變更如何認定，政府刻正研議朝法制化方向規範，並無怠惰，另將配合監察院調查。
內政部說明，目前出生登記係採生理性別，即依據醫療院所開立之出生證明書所載性別，予以登記。按前行政院衛生署於2008年針對性別變更認定要件等事宜召開會議結論，性別變更要件為經兩位專科醫師評估鑑定之診斷書及完成不可回復性之手術。內政部爰依據上開會議結論，於2008年11月3日函釋當事人須檢具2位精神科醫生鑑定診斷書及原生理性別性器官摘除手術完成診斷書等證明文件，申請辦理性別變更登記，讓戶政事務所辦理性別變更登記案件有所依循。
內政部強調，性別變更議題，除當事人個人身分轉變外，尚全面性及於社會共同生活不特定關係人，更涉及社會群體生活秩序應如何調整及維護，其影響之範圍與程度既廣且深，攸關重大公共利益。自2022年至今，行政院已多次邀集相關機關就性別變更要件（年齡等）、審查模式（行政審查/司法審查）、性別變更後身分法律關係（父母子女、婚姻、親屬關係等）及性別變更效力（兵役、產假、生理假等）等議題，召開會議共同研商，政府會持續蒐集相關影響評估意見，也會尊重醫療專業的判斷，並參考國外法制，研議性別變更認定要件，朝法制化方向規範。
