為確保運送動物之福利及安全，農業部已依據動物保護法訂定動物運送管理辦法，至於非屬動物運送管理辦法適用之動物種類，為提供更具可操作性之實務參考指引，以利商業運輸業者依循，農業部進一步訂定「動物運送通則性指引」，內容包含運送原則、運送人員責任、運送規劃與運送前準備、運輸工具及容器、運送過程等通則性內容，讓運輸業者得據以訂定或調整運輸規範，以落實動物保護法有關動物運送之規定。
農業部指出，動物保護法針對飼主責任及動物運送，已有原則性規範，要求運送動物應注意食物、飲水、排泄、環境及安全，並避免動物遭受驚嚇、痛苦或傷害，且任何人不得騷擾、虐待或傷害動物。此外，針對運輸頻繁度高、量體較大之經濟動物，以及特殊性之保育類野生動物，農業部已於94年6月30日依據動物保護法第9條第3項訂定動物運送管理辦法，規範其運送方式、運送工具及運送人員資格。
農業部表示，針對非屬動物運送管理辦法適用的動物種類，已另訂定「動物運送通則性指引」，該指引係以動物保護法為原則，適用國內以商業目的進行之動物運送；除通則性內容之外，另針對犬、貓、兔、其他哺乳類及實驗動物附加特別注意事項，如犬貓不得使用紙箱裝載、短顱犬貓應放置於通風良好位置、不得運送未開眼之幼兔、倉鼠幼鼠及出生2周內之天竺鼠幼鼠等。
農業部強調，該指引已送交通部轉知相關運輸業者參考運用，請業者在運送動物時能依循該指引，以避免造成動物痛苦、傷害及緊迫為核心原則，運送前審慎評估動物適運性，並依動物種類、生理狀態、運送距離及運輸條件等因素，採取適當之管理措施，以確保運送過程中之動物福利。如有違反該指引之情形，將依個案事實依動物保護法查處。
