針對雲林縣張麗善縣長投書指出，國土計畫農業發展地區的劃設將會限制雲林的發展機會，農業部指出，國土計畫法是配合國家及地方發展需要，讓國土資源能有效率、有秩序引導各項發展，對於各縣市政府劃設結果，農業部表示尊重。惟應依照縣市產業發展需求合理劃設，才不會犧牲農民既有權益及享有未來農業資源的機會，卻換來一個不大可能實現的想像。
落實農業基礎建設與擴大農漁民照顧
農業部表示，張縣長所稱的「農業權」，農業部早已逐步建構中，雲林縣為臺灣重要農業生產區，在過去8年來，農業部投入約294億元，落實重要農業基礎建設與擴大農漁民照顧，包括提升農業水資源永續韌性建設、漁業多元化經營建設、整體性治山防災、農村再生社區發展及環境改善、綠色照顧站場域設備改善、稻米產銷契作集團產區、建構全國農產品冷鏈物流網、有機集團栽培區基礎環境改善、推動產銷履歷制度、綠色環境給付計畫、產業策略聯盟示範、平地造林、養豬產業振興發展、防範豬瘟暨加強防疫量能整備等，全方位多元輔導協助產業提升競爭力，打造宜居宜業宜遊新農村。
農業部已逐步建立堆疊式給付機制，重申將施政資源投入農業發展地區
農業部強調，國土計畫上路後，農業施政資源將集中投注在農業發展地區，除了農地賦稅優惠、三保一金、低利貸款等農民專屬的權益外，農業發展地區實際從事農業的農民，將享有更多的政府資源投入。
農業部表示，目前農地可以做農業生產及相關產銷設施使用，未來仍可依照國土計畫土地使用管制規則規定使用，並且更充分考量農業經營實際需要，讓農業產、製、儲、銷設施均可申請使用，並維持現行使用規模及量體，不會增加管制及犧牲農民權益，尤其農業部正在調整建構堆疊式給付制度，未來農一的土地，一定會享有比目前更多的給付與資源。
核實劃設國土功能分區，才是兼顧農民權益與地方發展的正確方向
農業部呼籲縣市政府依照產業發展需求劃設農業發展地區，如果沒有具體發展計畫卻將優良農地劃在農業發展地區以外的分區，或是將最優良的農地劃在農一以外，這是拿農民具體可享有的優惠與資源去換取一個讓農民不切實際的想像。
依照當地農業經營條件，將最優良的農地劃在農一，才是最照顧農民的負責任態度與作法。
農業部說明，至於因應其他產業及城鄉均衡發展需求，經評估地方整體發展條件皆俱足者，縣市政府可有秩序、有計畫的劃設為城鄉發展地區，或配合每5年的國土計畫通盤檢討，以及適時推動的鄉村地區整體規劃調整為適當功能分區，以符合地方實際發展需要。並不會發生劃入農業發展區就永遠必須從農的事情。依照產業發展需求，劃設國土功能分區，才是兼顧農民權益與地方發展的正確方向。
