社群媒體質疑0728豪雨西南氣流侵襲臺灣後，「臺南又大淹水，6年600億、8年800億治水預算年年最高卻屢屢成災，錢到底花到哪裡去。」經濟部回應，本次短延時強降雨，超過區域排水保護標準，低窪地區積水不易排出，造成嘉義、臺南等地多處淹水。例如，嘉義六腳6小時累積降雨量327毫米已超過100年重現期距，臺南後壁6小時累積降雨量328毫米已超過25年重現期距，均已高於區域排水10年重現期距保護標準，因前瞻建設持續投入治水，已大幅減少淹水面積及加快退水時間。
水利署說明，前瞻基礎建設計畫於106年起於嘉義及臺南地區分別投入103.9億元及109.8億元，協助地方政府加強治水及提升防洪能力，例如嘉義荷苞嶼排水改善後，較106年海棠颱風類似降雨量造成淹水16小時，本次淹水時間降為4.5小時，另臺南菁寮排水改善後，較107年0823豪雨類似降雨量造成淹水469公頃，本次淹水面積降為5.5公頃，淹水面積減少、退水時間加快，確實發揮治水成效。
面對氣候變遷，超過歷史紀錄的雨量以後可能經常發生，政府將立即啟動千億治水計畫，採系統性治水的理念，減輕民眾遭遇水患的機會與損失。
經濟部表示，依氣象預測研判未來幾天仍有強降雨可能，面對極端降雨水患威脅，水利署已備妥98部抽水機及大量的防汛塊、沙包，隨時支援地方防汛救災需求，以保障民眾家園安全。水利署呼籲民眾也要隨時注意氣象資訊、水利署行動水情APP及各項防災資訊，提前作好防災準備。
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