113年4月3日花蓮強震，花蓮港第17至25號共計9座碼頭鋪面產生20至70公分不等高差陷落，碼頭裝卸輸送設備遭受損壞，港務公司先後投入新臺幣近5億元進行災後修復工程 ，施工期間重視工程品質及環境友善，透過船席指泊原則實施分區施工，確保施工期間港埠營運不中斷，已分別於113年12月底前完成第17、18、21、23及25號等5座碼頭與通關服務站周邊地坪5公頃修復，114年6月28日前陸續完成第19、20、22與24號等4座碼頭修復，全部工程提前於114年8月1日竣工，花蓮港外港9座碼頭各項營運設施均已正常運作。
113年4月3日早上7時58分於花蓮縣外海發生芮氏規模7.2地震，震源深度為15.5公里，花蓮港震度為6弱，持續時間40餘秒，受損程度超過107年0206地震。地震發生後，港務公司立即啟動災後修復工作，針對碼頭高差陷落迅即舖築上下引道，以恢復碼頭裝卸車輛動線，並重視專家意見的參與，透過震後展開各項檢查與測量工作，設計階段邀請國內外專家學者、學研單位會勘討論，跳脫傳統工程慣例，依碼頭損壞特性，分邀請台灣世曦等三家工程顧問單位同時辦理修復設計以爭時效，採行「大震好修、小震不壞」的修復設計理念，期以減少後續相當或更大規模震災之碼頭修復成本與時間。
本工程除積極辦理以爭取時效，並要求確保工程品質，落實減碳循環再利用，充分運用損壞的鋪面破碎料再利用；重視生態，透過創新岸線工法保存碼頭岸壁水下生物，實施生態補充調查並召開公民團體論壇；落實工區職業安全，導入智慧安全，添購電子安全帽、電子圍籬，並於114年3月31日通過金質獎初評，將積極爭取金質獎之肯定。
花蓮港近十年歷經了107年0206強震與113年0403強震，強震發生後面對港埠營運設施損壞之應變搶修、交通維持、調查檢查、專家意見導入與碼頭修復之工程設計與工程推動，均能確保施工期間港埠營運不中斷，而本次0403碼頭修復工程定調「大震好修、小震不壞」的修復設計理念，花蓮港未來面對不可預期之相當或更大規模之地震，將確保碼頭能以更少成本與時間完成修復，恢復全部營運設施。
