媒體報導花蓮光復鄉佛祖街居民提到，堰塞湖後持續5天水位上漲，淹沒屋頂，質疑水利署誤判情勢，沒有進行封堵。水利署回應，已於第一時間傾全署之力投入，依災後馬太鞍溪河道實際狀況及救災人員安全考量下，以最快速度進行救災復建，並無誤判延遲情事。
水利署表示，9月23日發生堰塞湖事件，巨大洪水沖毀馬太鞍溪光復鄉側約2,860公尺堤防，水利署於當日立即成立前進指揮所，並動員所屬14個分署全力投入人力與機具搶險，因為馬太鞍溪水位高於光復市區10公尺以上，因此河水隨地勢持續往市區方向流入，而事件後前二日河川流量仍大，考量救災人員安全，機具暫無法在河道內施工阻擋水流，而在9月26日隨著河川流量下降，水利署即刻動用200多部重型機具，日夜施工，由最下游馬太鞍溪及花蓮溪匯流口，以怪手往上游深挖3公里人工槽道，再配合大量砂石、投放200個5噸重大型鼎塊，才在9月28日成功把水改道，讓河水穩定在深水槽，不再流入市區（如附圖1）。
水利署補充，隨著河水穩定在河道深水槽內，得以進行2,860公尺臨時土堤設置，並日夜趕工於10月5日完成，臨時堤防具5公尺高、10公尺寬，前方再加以鼎塊、大型太空包組成三層保護，堤坡表面增加鋼網與噴凝土抗沖刷處理，具基本保護功能（如附圖2），後續將辦理堤防加強加固，於115年汛期前，完成受損堤防復建及河道疏濬累積300萬立方公尺，恢復設計洪水保護標準。
長期治理規劃將以系統性治水提升防洪韌性，規劃設置高規格堤防及第二道防線，並持續辦理河道疏濬，力求減輕極端流量發生時的災害衝擊，提供民眾更安全的保障。
水利署發言人：王副署長藝峰
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