水利署強調，依河川管理辦法第45條第1項規定，中央管河川之疏濬，得由當地直轄市或縣（市）政府擬訂計畫書報經該河川之管理機關核定後許可辦理，故自民國105年至114年8月，水利署依治理計畫分析，進行疏濬作業，並與花蓮縣政府多次協調辦理，於馬太鞍溪完成235萬立方公尺疏濬。疏濬過程依治理計劃通洪斷面已經達到標準時，為維護橋樑及堤防本身的安全，當年度疏濬工作就會停止。
針對馬太鞍溪堰塞湖處理情形，水利署表示，中央處置程序合理且迅速，已成立中央指揮中心，由農業部主政，經濟部水利署及相關單位全力配合，並依114年8月28日林業及自然保育署花蓮分署召開之會議決議九河分署分工疏濬目標量為20萬噸，實際於9月21日累計疏濬達21.66萬噸超前目標。另配合農業部專家諮詢會議及專案小組建議，已完成堤防不定期檢查及透地雷達檢測，檢測結果正常。
對於外界質疑「光復三號堤防開口堤未修復導致災害」之說法，必須澄清光復三號堤防於113年間因康芮颱風損壞，水利署第九河川分署已於114年8月12日全面修復完成，又該處開口堤並非破損缺口，而是符合治理計畫的防洪構造，其高程設計均符合百年一遇洪水位之保護標準。 另經第三方公正單位鑑定，本次堰塞湖溢流瞬間洪峰流量高達8,860CMS，遠超過馬太鞍溪百年保護標準之2,040CMS，屬極端高流量、高流速且含大量砂石之洪流，多處堤防同時溢流，此等超過保護標準4倍以上的極端洪流，伴隨大量土石多點溢流，才是造成災害的主因，絕非因堤防損壞或開口堤未封堵所致。
至114年9月23日花蓮馬太鞍溪堰塞湖於樺加沙颱風期間發生溢流迄今，水利署全力啟動災後緊急疏濬作業，動員全國各所屬單位全力投入疏濬工作，截至115年1月28日已疏濬超過1,100萬立方公尺。另相關單位已陸續完成光復堤段加高、開口堤封堵、覆土培厚、北富堤段基礎加固及河道疏濬等工程防災措施，並同步強化監測及應變整備，包括兩岸預佈混凝土鼎塊、增設紅外線監視設備、建置監測系統與簡訊緊急通報機制，預佈移動式抽水機及搶險機具。水利署強調，針對上游土砂仍不穩定，未來將持續協助花蓮縣政府進行馬太鞍溪的疏濬及堤防復建工程，確保居民安全。
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