近年因疫情、俄烏戰爭、以哈衝突、通膨等因素，藥品短缺為全世界共同面臨之議題。為保障民眾用藥權益，衛生福利部透過跨部門合作設立「藥品供應通報處理中心」，自成立以來，食品藥物管理署(下簡稱食藥署)共接獲600餘件藥品短缺通報案件，辦理至112年12月31日，經調查評估多為無短缺或有建議替代藥品，僅9項為國內無替代藥品，食藥署已即時徵得8項替代藥品專案製造或輸入，其餘1項刻正徵求中，相關資訊已公布在西藥供應資訊平台( http://dsms.fda.gov.tw/ProjectManufacture.aspx )，有效避免藥品短缺造成臨床端之衝擊。
為因應傳染疾病用藥需求增加，食藥署針對抗生素、呼吸道緩解藥品、腸胃藥品等，於112年8月2日及12月1日即函請相關藥品許可證持有商，預先盤點及整備相關藥品及其原物料之庫存，增加相關藥品之供應，以確保臨床端藥品供應無虞。
食藥署已建立藥品短缺處理機制，於接獲藥品短缺通報後，即調查藥品供應狀態、協調廠商供應藥品予通報機構、評估替代藥品等，並將相關資訊公布於西藥供應資訊平台，供臨床端參考。有關媒體關注個別廠牌藥品短缺情事，食藥署說明如下：
- 有關莫鼻卡藥品供應情形，該類藥品屬麻黃素類製劑，因原料因素及臨床用量增加因素，目前控貨中，短缺期間，建議依醫師評估以不同成分複方藥品替代。為確保麻黃素類製劑市場供應需求，除每年度食藥署訂定「國內麻黃素類原料藥最高總使用量及核准原則」外，倘藥廠有實際生產需要，可向食藥署提出麻黃素類原料藥需求量申請。
- 有關人工淚液供應短缺情事，食藥署已即時協助評估替代藥品，並將相關替代藥品資訊公告於西藥供應資訊平台，並協調替代藥品廠商增加生產供應，替代品項目前皆穩定供應中。
- 有關氧化鎂藥品供應情形，本品項健保月申報量約2,000萬顆，目前許可證持有藥商已恢復生產穩定供應中，另食藥署於111年12月中核准專案製造替代藥品，目前國內氧化鎂每月合計生產達3,000萬-4,000萬顆，應可滿足臨床需求。
食藥署持續監測國外藥品短缺警訊、國內用藥需求，主動監測相關藥品供應情形，另已委託中華民國藥師公會全聯會執行「藥品市場監測系統運作計畫」，將與國內大型中盤藥商合作，整合其藥品庫存資料，強化藥品供應監測，並利於藥局及醫療機構查詢中盤藥商之藥品庫存情形，以協調藥品於藥局端的供應，以利病人就近領藥，保障民眾用藥權益。
