疾病管制署(下稱疾管署)今(14)日表示，本(2025)年第2週(1/5-1/11)類流感門急診就診約13萬9千餘人次，為近十個流感季同期最高，急診就診病例百分比達12.7%，疫情呈上升趨勢，處流行期。近四週合約實驗室監測顯示，呼吸道病原體檢出以流感病毒為多，其中以A/H1N1為主。國內上週(1/7-1/13)新增49例流感併發重症病例，本流感季自2024/10/1起截至2025/1/13累計461例，年齡層以65歲以上長者為多(占56%)，另死亡病例累積101例，確定病例及死亡病例均有9成以上未接種本季流感疫苗。
疾管署說明，國內上週(1/7-1/13)新增10例新冠併發重症本土病例，較前一週(2025/12/31-1/6)15例下降，自2024/9/1起截至2025/1/13，新冠併發重症本土病例累計446例，其中96例死亡，均以65歲以上長者及具慢性病史者為多，其中自10/1起通報之確定及死亡病例未接種JN.1疫苗者均達98%以上。
疾管署統計，截至本年1/13止，公費流感疫苗接種數約611.5萬人次（疫苗使用率約92.8%），低於去年同期（635.6萬人次），但近期打氣明顯熱絡，自1/1開放全民接種以來，至1/13已接種約32.5萬人，為去年同期3.8倍，其中上週五（1/10）接種35,178人亦再創今年新高。不過全國65歲以上長者流感疫苗接種率為45.5%，尚未達接種目標。新冠JN.1疫苗截至1/13已累計接種186.5萬人次，為去年同期(95萬)約2倍；另因接種疫苗後約需2週後才會產生保護力，且依研究顯示接種新冠JN.1疫苗預防重症住院的保護效益可達60%，目前國內提供之JN.1疫苗計有Moderna及Novavax兩種不同製程的疫苗，均安全有效。
疾管署提醒，國際疫情部分，北半球流感自去年12月以來活動度迅速上升，其中往來頻繁國家中日本及韓國驟升，活動度持續上升；中國北/南方、香港、歐洲及北美洲國家升幅亦嚴峻，趨勢則與往年相符。全球新冠病毒陽性率近期下降，東南亞及非洲區上升，東地中海區上下波動，其他地區則呈持平或下降，鄰近國家日本及泰國病例數呈上升趨勢，全球新冠變異株以XEC及KP.3.1.1為主要流行變異株。
疾管署呼籲，目前仍為流感等呼吸道疾病好發季節，且寒流持續發威，提醒民眾在參加新年尾牙聚會之際，注意加強保暖及留意自身健康狀況，呼籲65歲以上長者、幼兒及慢性病患等高風險族群，應儘速完成流感及新冠疫苗接種，以及早獲得保護力，降低感染後發生重症和死亡風險，保障自身與家人健康，一同健康平安過好年。民眾可先透過各地方政府衛生局網頁、疾管署流感防治一網通(https://antiflu.cdc.gov.tw/)、疾管家或1922防疫諮詢專線，查詢鄰近合約院所，再電洽院所詢問預約，以確保可施打到疫苗且節省排隊等候時間。
