疾病管制署(下稱疾管署) 2026年9月22日表示，國內流感及新冠等呼吸道疾病均處流行期，尤其中秋連假將近，民眾出遊、團聚等人際交流頻繁，易增加疾病傳播風險，呼籲民眾落實呼吸道禮節及個人衛生，如出現呼吸困難、胸痛、意識改變等危險徵兆，應儘速就醫。
疾管署指出，國內流感疫情略升且處流行期，第37週(9/13-9/19)類流感門急診就診計141,375人次，較前一週略升1.4%。另上週(9/15-9/21)新增165例流感併發重症病例(151例H1N1、6例H3N2、8例A未分型)及30例死亡(27例H1N1、2例H3N2、1例A未分型)。依實驗室監測資料顯示，目前社區中流行之流感病毒以A型為主，其中以A型H1N1占84.9%為高。本(114-115年)流感季累計1,586例重症病例(958例H1N1、509例H3N2、29例A未分型、90例B型)及304例死亡(176例H1N1、106例H3N2、10例A未分型、12例B型)，其中重症病例以65歲以上長者(占65.8%)及具慢性病史者(占83.2%)為多，67.8%未接種本季流感疫苗。
依據疾管署監測資料顯示，國內新冠肺炎疫情下降，惟仍處流行期， 第37週(9/13-9/19)新冠門急診就診計14,462人次，較前一週(9/6-9/12)下降20.6%；上週(9/15-9/21)新增48例本土重症病例及9例本土死亡病例。去(2025)年10月起累計723例新冠併發重症本土病例，其中133例死亡，重症病例以65歲以上長者(占73.3%)及具慢性病史者(占82.6%)為多，83.8%未接種本季新冠疫苗；近4週本土病例變異株以NB.1.8.1 及PQ.16.1.1為主。
疾管署提醒，近期氣溫有轉涼趨勢，請民眾務必做好呼吸道衛生與咳嗽禮節，落實勤洗手、有發燒、咳嗽等類流感症狀，宜戴口罩及早就醫、生病在家休息等措施。因應流感疫情持續，疾管署已延長公費流感抗病毒藥劑擴大使用之期限至10月31日止，如有危險徵兆(如呼吸急促、呼吸困難、發紺、血痰、胸痛、意識改變、低血壓等)應儘速就醫，並由醫師評估是否符合公費流感抗病毒藥劑(下稱公費藥劑)用藥條件，以把握用藥時機，降低併發重症風險，尤其若是自身及親友為65歲以上長者、嬰幼兒、高風險慢性病人及孕婦等流感高危險群，應特別留意健康狀況。
